黑水一般由藻类和有机物两种情况引起。
1.隐藻引起
由于隐藻对于温度适应能力强，对水体营养要求不苛刻，对光照要求不严格，所以该藻类引起的黑水只要氮、磷等元素适宜，几乎可以在春夏秋冬四季都出现，并且很容易形成优势藻类，对光照不敏感，无光条件下能够异样生存。隐藻富含叶绿素а、с，β-胡萝卜素，对所见光有很强的吸附能力，其水拨开近看显红褐色，远远看去显黑色。
由于一般成鱼养殖池大规模投料、施加氮肥是在7-9月，所以喜欢生存在有机物和氮丰富的水体的隐藻一般都是在这一时期出现。
鱼苗、鱼种池常年投喂饲料，也很少清塘，所以不少鱼苗、鱼种池塘常年会出现此种情况的黑水，这种水质的池塘的鱼苗、鱼种，特别是花白鲢生长速度快。而鱼池中发生此种藻类的水华，一般都说明该鱼池水肥、水活，是好水。
2.膝口藻引起
许多水产人士喜欢将膝口藻归纳为甲藻门，主要是因为甲藻门有一个膝沟藻科，两个藻类虽只有一字之隔，但是膝沟藻在藻体死亡后分泌大量的毒素，毒素对鱼类没有毒害作用，但是对于摄食鱼类的人类有毒害作用。而膝口藻属于黄藻门，有鞭毛，趋光性很强。清晨在鱼池上下层一般均匀分布，日出后逐渐往表层移动，中午前后大部分集中表层，下午随着光照强度的减弱又逐渐下移分散。
该藻类对低温适应能力强，早春晚秋尤其旺盛，一般多见于晚秋。膝口藻成为单一优势藻类易引起易形成丝状、带状、扫帚状、乌云状和溶液状黑色水华。膝口藻在鱼池中保持一定的数量对鱼有益，形成水华后，在变天等环境激烈变化的时候容易发生倒藻,存在很大隐患。
3.大分子有机物过多
多在早春出现，主要是淹青塘、饲料或青草投喂过多、粪肥施用过多等，水体有机质大量积累，同时水体有益菌匮乏、分解力不足导致"黑水"。淹清时期，加水后，大量的草屑、鱼的粪便在池水里堆积，五六月气温相对较低，有益菌分解速度跟不上，水极容易变黑。还有不少施加农家肥的池塘也会出现此种情况，建议使用农家肥时用EM菌发酵后再使用。
4.小分子有机物过多
此种情况形成的黑水一般出现在倒藻后。倒藻后的水先变红，两三天后池子里的小分子有机物就会因为没有藻类利用而大量积累形成黑水。
养殖池塘黑水一般认为水质恶化比较严重，可以在下午4点左右在池塘中打一瓶水，置于阳光下几分钟：瓶壁无气泡或者少气泡，瓶底积聚很多沉降物质，颗粒大的是大分子有机物，小的是小分子有机物，多是有机质过多引起黑水。瓶壁有大量气泡，多是藻相单一，隐藻、漆口藻成为优势藻类。瓶壁上层向光处黑色很浓的是趋光性很强的膝口藻、没有的是隐藻。
此外绿藻门的衣藻等其他藻类大量繁殖也会形成黑水，不少池塘也会时常出现隐藻、膝口藻、有机物多等多种情况并存的现象，所以通过显微镜观察判断藻相。
一般情况下，养殖动物没有大的问题，只是调水的话，一般是建议排换水，停施肥粪，根据情况减少投料，使用改底增氧产品，第二天晴天上午解毒后培菌，利用微生物制剂加强水体有机质的分解，控制藻类的丰度，同时根据藻类情况合理调整池塘的氮磷比和培养有益藻来控制藻类的种类，调节藻相。具体措施建议结合水质检测、养殖动物状态等综合判断后，针对性地调整措施。
有机质多可以参考藻类老化的处理方案：
适当加大换水量，有机质等悬浮物比较多的水体，可先施用活性炭、沸石粉等吸附产品净水，然后解毒，活力差可配合赛有渔液肽美泼洒，使用过硫酸氢钾改底把有害物质氧化成无害物质，晚间注意增氧，晴天上午解毒之后配合稳多多培藻，同时内服侠肝义胆+赛有渔液肽美。
隐藻和漆口藻可以参考有害藻类爆发的方案：
适当加大换水量，情况较轻的可培菌抑制有害藻类，如果有害藻过多时，可在池塘下风处使用漂白粉或二氧化氯局部杀藻，然后解毒，氧化改底配合增氧，晴天上午泼洒水青青解毒后培养芽芽乐抑制有害藻，然后配合稳多多肥水培养有益藻。
